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RNA-Seq,区分细菌和病毒感染新工具

2017-08-07 11:14:47   来源:生物通   责任编辑:吴楚   字号:T | T

在临床治疗中,准确鉴定细菌感染和病毒感染至关重要,这关系到治疗干预方案选择和抗生素耐药隐患预防。

例如下呼吸道感染(lower respiratory tract infections,LRTIs),不同病原体引起的不同疾病有着相似的临床症状,让医生很难做出正确诊断。

如今,罗切斯特大学医学中心(URMC)发布了一篇利用RNA测序和转录组分析帮助医生开处方药的《Scientific Reports》文章。

URMC纪念医院感染疾病科主任Ann Falsey教授说:“解释呼吸道感染的类型非常困难,尤其当就诊重病患者同时出现高烧、咳嗽、气短等其他有关症状时。我们的目标是开发一种有效的临床诊断工具,让医生顺利地排除细菌感染,不至于乱开抗生素。”

研究小组招募了94名LRTI患者住院治疗,收集了每一位病人的血液样本和临床资料,并进行了一连串的微生物学试验鉴定了41例细菌感染和53例非细菌性或病毒感染。

下一步,科学家们利用遗传学统计分析,找出患者血液中的标记物,这些标记物可将80-90%的细菌感染者正确归类。

“我们使用RNA-Seq和qPCR检测了患者全血基因表达水平,用Bonferroni-corrected Wilcoxon实验鉴定了细菌感染的基因差异性,限制性逻辑模型所预测的细菌感染符合LASSO(Least Absolute Shrinkage and Selection Operator)。RNA-Seq和qPCR证实,细菌性下呼吸道感染中有10个已知基因的表达发生显著差异。”

儿科和生物医学遗传学教授Thomas Mariani博士说:“我们的研发目标并非检测患者体内的特定有机体,而是利用基因数据辅助医生决策患者适合什么类型的抗生素。”

尽管这是一次较小规模的临床检测,但是未来,这款“基因分类器”可能被证明同样适用于所有普通患者。

本文随机选取了94名呼吸道感染受试者,而真正的细菌性感染竟不到一半。反观大多数“普通感冒”的药物清单,其中不乏大量抗生素的使用。

众所周知,滥用抗生素不仅容易引发耐药性全球恐慌,而且对肠道微生物菌群平衡影响剧烈,近年来,大量研究指出肠道微生物与很多疾病有关。总的来说,细菌临床检测手段研发刻不容缓。

[责任编辑:吴楚]

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